CSPACE-3441: Updating CollectionObject doctype/bundle module names to better reflect reality.

NOJIRA - simplifying jboss configuration to be less DB-dependent. Correct version discrepancy between postgres connectors.

CSPACE-2903, CSPACE-2421. Committing the postgresql variant as the default.

CSPACE-3441: Added final support in the Services core for tenant specifc document types.

CSPACE-3441: Added final support in the Services core for tenant specifc document types.

CSPACE-4052: Reverting change made in r5038; Patrick would prefer the ID service tables to be in the 'nuxeo' db, leaving the 'cspace' db for authZ-related tables.

CSPACE-4052: ID service Ant buildfile now uses 'cspace' database user and password for running its DDL script, create_id_generators_table.sql, rather than 'nuxeo' database user and password.

CSPACE-2903, CSPACE-2421. Added support for postgresql, cleaned up configuration and various sql statements and resources that were mysql-specific. Refactored lots of configuration to take DB info from build properties. Note that in this version, mysql is still the configured DB.

CSPACE-4081: XmlReplay config files now have newly-generated password hash for admin@core.collectionspace.org user; XmlReplay-based tests in IntegrationTests module have been re-enabled.

CSPACE-4081: Temporarily commented out invocation of XmlReplay tests in IntegrationTests module in services, until we can identify why 401 authentication errors are occurring. Have experimented with changing username / password hashes, so far without success.

CSPACE-4081: Update usernames in services MultiTenancyTest to reflect change to core, lifesci tenancies.

CSPACE-4081: Update username in XmlReplay-based Integration Tests to reflect name change of tenant 1 to core.collectionspace.org, from collectionspace.org

CSPACE-4081: Switched tenant 1 to core.collectionspace.org, from collectionspace.org; switched tenant 2 to lifesci.colletionspace.org, from hearstmuseum.berkeley.edu, to match changes in the App and UI layers.  lifesci tenant retains an extra collectionobjects_naturalhistory extension schema part for Cataloging / CollectionObject records, from its previous incarnation as the hearstmuseum tenant.

CSPACE-3995: Local override of AuthorityItemDocumentModelHandler.getAuthorityServicePath() in TaxonDocumentModelHandler does not appear to be necessary, and has been removed. With and without that override, item lists are returned identically, save for non-material ordering of namespace prefixes in the root element.

CSPACE-4077: Creation of database indexes and modification of field datatypes during 'cspace' server startup / post-init now works once again, by specifying that we're connecting via JDBC to the nuxeo repository when performing these actions.

CSPACE-4074: Get on /accounts/0/accountperms resource now returns tentant ID in payload.

CSPACE-4063,CSPACE-3858: Corrected one uriPath in prototype tenant bindings, used for building permissions for accessing services resources: Scientific Taxonomy Service path was changed to '/taxonomyauthorities/*/items/*/workflow/' from '/taxonomyauthorities/*/taxon/*/workflow/'.

NOJIRA: Restoring proper db.script.dir value.  Updated Nightly "Database" build plan to set JBOSS_HOME env var.

nojira - munge so it will build

CSPACE-3546, CSPACE-2903, CSPACE-2421, CSPACE-2170, CSPACE-2000, CSPACE-1894. Completed changes to make database and datasource configuration use environment vars and build properties, concentrating this info and removing passwords from the checked in code. Also separated the initial creation of the database from the additional work, which is done by scripts created from the gen_ddl target, which in turn depends upon the core DB being in place.

CSPACE-3175: Committing Laramie's many changes, with one minor fix, to allow resource classes in the Vocabulary service and in the various Authority services to inherit from ResourceBase, via AuthorityResource and AuthorityResourceWithContacts.

UCJEPS-41: Added labelHeader and labelFooter fields to Object Identification Group, in Natural History part of Cataloging record.

CSPACE-3546, CSPACE-2903, CSPACE-2421, CSPACE-2170, CSPACE-2000, CSPACE-1894. Reworking lots of repository and hibernate configuration and build process to be less DB specific, and to support injection of passwords from environment variables.
NOTE: this also enforces ownership of each of the three databases/datasources by three respective users (jboss, nuxeo, and cspace), with associated passwords. You MUST set the environment variables: DB_PASSWORD_JBOSS, DB_PASSWORD_NUXEO, DB_PASSWORD_CSPACE in addition to DB_PASSWORD. The current default values are (still) embedded in
src/main/resources/db/mysql/init_db.sql, but this will get changed to use the environment variables as well.
Also added the jboss-ds.xml datasource configuration to our source tree to simplify managing the default jboss datasource.

CSPACE-3175: AcquisitionResource now extends ResourceBase; the resource class itself is now essentially empty. Passes all services and app layer tests, and creates, updates, searches, and authref listings in the right sidebar in the UI work as expected.

CSPACE-4052: Minimally updated the ID service to remove hard-coded dependencies on MySQL and specific database connection properties, to help facilitate services layer migration to PostgreSQL. Updated client and proxy classes, and client tests, to cover basic CRD+L of ID generators, plus generation of new IDs.

CSPACE-573 Added tests to test the new order field, to ensure that this order field is returned in list results, and that duplicate values for the order field is accepted.

CSPACE-3865: Reverted temporary change, removing the collectionobjects_naturalhistory part from CollectionObject records in the default collectionspace.org domain; that part was temporarily added to that domain's tenant configuration for a May 2011 demo.

CSPACE-2496,CSPACE-2497: Added PostgreSQL variants of SQL statements to add indices and determine column datatypes to init classes.

CSPACE-4052: Initial ID service 'load ID generators' script for PostgreSQL - reverted null experiment back to empty string.

CSPACE-4052: Initial ID service 'load ID generators' script for PostgreSQL.

CSPACE-4052: Initial ID service 'create table' script for PostgreSQL.

CSPACE-3900 Add query params on batch list to filter by supported docType and invocation mode.

CSPACE-3900 More support for invoking Batch processes. Refactored the invocation slightly to support better error reporting, and to allow a given Batch job to handle various invocation modes. Extended the demo batch job to handle single and list invocation, and to actually create the LoanOut and the relations to the passed CSID(s). Added a series of tests to verify proper functioning and error handling for bad invocation, empty lists, etc. Fixed an odd exception in the ClientUtils, in which a URI cannot be cast to a String.

NOJIRA Simple NPE fixed

CSPACE-573 Added *order* field to schema for Vocabularies and list result. Developed and installed dditional tests validating work on hierarchies, issues: CSPACE-4037 CSPACE-4040 CSPACE-4042 CSPACE-4037 CSPACE-4045

NOJIRA - Adding some more test payloads for person and org testing.

CSPACE-3865: Remove stray references to long-deleted import module within Ant buildfile in Taxonomy service.

CSPACE-3900 More support for invoking Batch processes. Added ResourceMap to injectable context, so BatchResource can set this into the Invocable interface. Added Invocable and related interfaces and classes for invoking and getting responses from Batch jobs (and other invocables, like reports). Still have to write real logic into the demo batch job.

CSPACE-4045 merging changes from branch 1.7 to trunk, preserving previous trunk commits for getAuthorityServicePath() and getUri() in AuthorityItemDocumentModelHandler.  This fix ensures that create or update to hierarchic authorities cleans up old parent relationships for related child items.  Effectively, an item in a hierarchy can not have two parents.

CSPACE-3865: Added collectionobjects_naturalhistory part to Cataloging record in collectionspace.org domain, via tenant-bindings.

CSPACE-3865 add custom fields to collectionobjects_naturalhistory.xsd by glen

CSPACE-4043 see notes in Jira;  Added change to services/collectionobject/jaxb/src/main/resources/collectionobjects_naturalhistory.xsd to attempt to get it to compile after checkin from Aron.  Just wrapped all existing elements in element/complexType/sequence.  Jaxb compiles, and removed three lines in CollectionObjectServiceTest that referred to the old fields.  All service tests pass.  Checking in so work from Monday can get built on nightly

CSPACE-3865: Add custom Taxonomy-related fields to JAXB CollectionObject schema; make namespaces consistent between schemas and with core-types-contrib and tenant-bindings files.

CSPACE-4040  ensure consumer may not write uri fields in relations subject/uri and \
  object/uri.  URIs sent to hierarchic authorities will be ignored.  \
  CSPACE-4042  ensures same authority must be used for items related in hierarchy. \
  CSPACE-4037  Service now generates correct REST URIs for all items.  \
  LIST will now return relation-list-item/subject/uri and relation-list-item/object/uri elements correctly. \
  NOTE: removed relation-list-item/service and relation-list-item/documentTypeFromModel from payloads. PLEASE SEE CSPACE-4037 for attached sample payloads from test suite and additional notes.

CSPACE-4037 Making it easier to get uri for a doc model, without a docmodelhandler. Now stored on create in collectionspace_core.

NOJIRA (IMLS) Extending the naturalhistory schema to reflect more common LifeScience usage.

CSPACE-4027 removed the pesky dev-master.xml so inadvertant checkins can not happen, and modified XmlReplayDevTest to quit nicely if not dev-master.mxl not found. Also moved common prettyPrint code into common.XmlTools.  Added XmlReplayReport and supporting files to spit out friendly html version of test results.

NOJIRA: Removing Eclipse project settings files.

CSPACE-3865: Convert taxonIsNamedHybrid field to xs:string from xs:boolean for now, until we've established how to represent and save a boolean value end-to-end, including in the UI.

CSPACE-3994 migrating logging code for objectName and objectNumber in RelationDocumentModelHandler from branch 1.7 to trunk

NOJIRA removing dev test

CSPACE-3994 replicating checkin from branch v1.7 to trunk, checking in objectNameProperty and objectNumberProperty for Locations, since these were missing.

CSPACE-3994 Adding test cases which show behavior of bug, so they can be pulled into 1.7 branch

CSPACE-3451: Added a "delta" binding to the Hearst museum binding for a "natural_history" part on the CollectionSpace record.  This *was* part of the prototype binding, but I removed it from there and put it into the Hearst delta bindings as an example of how to customize a tenancy.

NOJIRA Inadvertantly checked in dev-master.xml with a dev test in place.  Removed.

CSPACE-3899 Added batch service.  CSPACE-3932 Fixed hack in authority DocumentModelHandlers to all use the new getAuthorityServicePath() method for reporting the correct names, e.g. personauthorities not persons

CSPACE-3865: Workaround to return values for four additional fields, other than URI and CSID, in summary lists of taxonomy authorities.

CSPACE-3985 Extended person tests to validate that deleting some or all related items via PUT works correctly.

CSPACE-3175 Refactored *Resource classes to use functionality in two main base classes: ResourceBase, and SecurityResourceBase. Also, changed how some responses are now response code 400, BAD_REQUEST, where previously they were incorrectly sent as server error, 500.  See extensive notes here: http://issues.collectionspace.org/browse/CSPACE-3175

CSPACE-3451: Removing now obsolete 'tenant-bindings.xml' files.  Only the deltas are used now.

CSPACE-3451: Prototypical tenant model is now supported.  The tenant specific binding files are now deltas only.  Also, updating Maven repo version for artifacts to v1.8 snapshot.

CSPACE-3451: Removing now obsolete 'tenant-bindings-proto.xml' file.  Its replacement is now down inside the "tenants" directory.

CSPACE-3756: Removed vestigial 'flat' structured date from CollectionObject service's JAXB schema. Removed repeatable scalar ObjectProductionDates field from CollectionObject service's JAXB and Nuxeo schemas. Verified that these fields do not appear in default.xml.

CSPACE-3865: Reverted dependency change in Taxonomy service pom.xml, which refers to non-existent package JAR.

CSPACE-3865: Added dependency to enable Authority JAXB constants, in turn permitting the Taxonomy service to emit all needed fields for each of its summary records in item list results.

CSPACE-3953, CSPACE-3951: Configuration change to add "blobCsid" field to media common list results.

CSPACE-2395: Added missing dateEarliestSingleEra and dateLatestEra fields to Nuxeo CollectionObject schema; these fields were present in JAXB schema but not in Nuxeo schema. Their absence in the latter led to 500 errors when saving records that had either of those fields populated.

CSPACE-3932 (on branch 3899 because of 1.7 code freeze).  Made all current AuthorityItemDocumentModelHandler subclasses implement getAuthorityServicePath() to map from names like persons to names like personauthorities in URIs.

CSPACE-3865: Added repeatables to client tests of Taxonomy service; also useful to create samples for verification of work to be done in other layers.

CSPACE-3865: Added taxonYear field to Taxon schema. Added fields to client test of Taxon service.

CSPACE-3451: Fixed a multitenancy issue involving ambiguity in the repository domain names for services.

CSPACE-3899

CSPACE-3899

CSPACE-3451: Updated ../tenants/hearstmuseum/tenant-bindings.xml formatting to conform to the output of the XMLMerge tool.

CSPACE-3899

cspace-3899 schema working, client tests not working yet

CSPACE-3899 Added basic Batch service on branch CSPACE-3899

CSPACE-3899 service team branch for batch service

CSPACE-3451: Updated ../tenants/collectionspace/tenant-bindings-proto.xml (the prototype bindings) formatting to conform to the output of the XMLMerge tool.

CSPACE-3932 Fixed AuthorityItemDocumentModelHandler.java to correctly insert the cspace-services uri where the uri is not the same as the servicename, e.g. persons vs. personauthorities.  Applies to personauthorities, orgauthorities, locationauthorities

NOJIRA: Removed dead import statements -this change has been sitting in my commit queue for weeks now.  I tired of ignoring it and decided to finally commit it.

NOJIRA: Updated Organization client sample so that it would compile.

CSPACE-3798: Re-enabled AuthZ on the Blob service now that the App layer deals with /blob URLs.  Also, changed some of the log statements in base document handler to be "trace" instead of "debug."

CSPACE-3451: Updated ../tenants/collectionspace/tenant-bindings.xml formatting to conform to the output of the XMLMerge tool.

NOJIRA - Partial port of Laramie's 3178 branch. Still has some bugs, and key enabling statements are commented out, as they cause app tests to fail. Work done (mistakenly) to address 3930, which was really about something else. Slightly refactored from the branch, bust utility code just ported over. RefName construction utils seem not be working correctly yet (strings are not proper syntax).
Also extended Location and Media tests to exercise some other features.

CSPACE-3865: Add Scientific Taxonomy service-related blocks to tenant bindings files: prototype, Hearst Museum.

CSPACE-3865: Minor cleanup in new Scientific Taxonomy service - deleted extraneous class, renamed second class, removed debug statements.

CSPACE-3865: Final naming tweaks for new Scientific Taxonomy service.  Integrating this service into the CollectionSpace Services layer. Remaining: add to demo Hearst tenant bindings, some minor cleanup of debug comments and 1-2 extraneous 'Taxonomy' classes, add more fields to create instance in client utils.

CSPACE-3865: More naming tweaks.

CSPACE-3865: More naming tweaks. Creation and reading of authority documents is working; items aren't receiving inAuthority values.

CSPACE-3865: Create tests now work; next to work on failing read tests.

CSPACE-3865: More naming tweaks; part of create test now passes in local testing. (Taxonomy service not yet activated in checked-in services layer.)

CSPACE-3865: More renaming to new name for Taxonomy items.

CSPACE-3865: More naming consistency for Taxonomy item name ('taxon').

CSPACE-3865: Fixed mass-substitution typo when replacing 'location' with taxonomy in Ant buildfiles.

CSPACE-3865: Consistent naming - for now - of 'taxonomy identification item' as 'taxon' (the item equivalent to 'person' or 'location' for taxonomic identification). This can be changed later if desired.

CSPACE-3865: Full taxonomy service module now builds. Need to integrate this into the services project and run/debug tests.

CSPACE-3865: Taxonomy client module now builds.

CSPACE-3851 Added owner field to group schema, made it support authRefs in tenant-bindings.xml.

CSPACE-3865: Additional tweaks following clone of Storage Location to Taxonomy. Most of client module builds, save for client test of service.