Migrate to Jakarta EE / Java 21 compatibility

Replace javax.xml.bind with jakarta.xml.bind across all Java source files,
XSD/XJB binding files, and Maven POMs. Upgrade the entire JAXB toolchain:
- javax.xml.bind:jaxb-api → jakarta.xml.bind:jakarta.xml.bind-api 4.0.0
- com.sun.xml.bind → org.glassfish.jaxb (jaxb-core, jaxb-runtime) 4.0.0
- maven-hyperjaxb3-plugin 0.6.0 → org.jvnet.jaxb:hyperjaxb3-maven-plugin 4.0.12
- maven-jaxb2-plugin 0.13.3 → org.jvnet.jaxb:jaxb-maven-plugin 4.0.12
- jaxb2-basics 0.6.2 → org.jvnet.jaxb:jaxb-plugins/jaxb-plugins-runtime 4.0.12
- javax.persistence:persistence-api → jakarta.persistence:jakarta.persistence-api 3.1.0
- Update all JAXB namespace URIs in XSD/XJB files to jakarta.ee equivalents
- Add MAVEN_OPTS --add-opens for Java module system compatibility

Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>

Merge pull request #514 from collectionspace/develop

Release 8.3.0

Update for 8.3.0 (#513)

DRYD-2071: Adjust relation uri info (#512)

Release 8.3.0-RC.3

Prepare 8.3.0-RC.3 (#510)

* NO-JIRA: Prepare 8.3.0-RC.3
* NO-JIRA: updated changelog

DRYD-2042: Update AdvancedSearch Response for Materials and Herbarium (#508)

* Add material to advanced search response
* Add determinationTaxon to advanced search response

NO-JIRA: added removeing query parameters from filename when download… (#506)

NO-JIRA: added removeing query parameters from filename when downloading file;

Merge pull request #505 from collectionspace/develop

Merge Release 8.3.0-RC.2

Release 8.3.0-RC.2

DRYD-1983: Browser > Anthro > Add Material/technique description (#503)

* DRYD-1983: added materialTechniqueDescription to anthro-tenant-bindings.delta

* DRYD-1983: updated Changelog;

DRYD-2015: Report > Public Art > Full object with place details > place type (placeType) and placement type (placementType) (#502)

* DRYD-2015: added aggregating all placetypes;

* DRYD-2015: added aggregating all placetypes;

* DRYD-2015: added aggregating all placementtypes;

Merge pull request #500 from collectionspace/develop

Merge Release 8.3.0-RC.1

Prepare 8.3.0-RC.1 (#499)

DRYD-1837: TermRef Export Fixes (#491)

* Create enum for capturing the type of field being processed
* Differentiate between auth and term refs
* Use FieldType in order to test both isRefName and the type of ref
* Fix issue of multiple parts not deurning

DRYD-1979 Security > Integrate Security Vulnerability Scanners (#498)

DRYD-1979: added a security vulnerabilities check step in the PR template;

DRYD-1851: Report > Public Art > Full object with place details (#493)

* DRYD-1851: fixed adding all creators with their roles;

* DRYD-1851: fixed adding all worktypes and materials

* DRYD-1851: added additional report for showing creator name and creator role in distinct columns;

* DRYD-1851: changed uuids using uuidgen and name

NOJIRA: fixed integration test (#492)

DRYD-1834: Remove Unnecessary  Namespace Search (#490)

Avoid namespace search for cspace_english

DRYD-1982: Add blobAltText to advanced search (#489)

DRYD-1918: Report > Anthro > Fix Notice of Intent to Repatriate Report (#488)

DRYD-1918: changed showing all statuses with status dates;

DRYD-1952: Public Browser > Add contentPlace field (#486)

* DRYD-1952: added contentPlaces in contentSubjectList;

* DRYD-1952: added contentPlaces in all tenant bindings that override es config;

* DRYD-1952: set using RefNameUtils.getDisplayName for refNames, otherwise directly using the content value;

DRYD-1939: Search > Update AdvancedSearch to Spec (#487)

* Update advanced search xsd to match spec
* Update natural history extension to match stored data
* Add NAGPRA extension xsd
* Create additional classes to map CollectionObject data to the AdvancedSearchListItem fields

DRYD-1837: New Authority CSV Export Format (#485)

* Add new parameter includeauthority to csv export service
* Update CSV Export to export authorities for fields when requested
* Add displayName to service binding xsd

DRYD-1914: Report > Anthro > Fix Notice of Inventory Completion Report (#483)

DRYD-1914: added showing object category name in Object Category Count of notice_of_inventory_completion report;

DRYD-1903: Query Relations in AdvancedSearch Service (#484)

* Query relations in advanced search

DRYD-1902: Update Strategy for AdvancedSearch Query (#478)

* Create DocumentModelHandler for retrieving full views for list requests
* Allow setting of DocumentModelHandler class in Resources
* Add xsd for collectionspace_core
* Update to avoid multiple CO Resource queries
* Create jaxb context for AdvancedSearch
* Replace Client pattern in AdvancedSearch
* Cleanup/removal of dead code

This is primarily to update the AdvancedSearch API in order to fetch the CollectionObjectCommon and CollectionSpaceCore documents directly without the need to call the CollectionObjectResource multiple times.

DRYD-1818: Implement image ordering functionality for public browser (#479)

* DRYD-1818: added denormRelatedObjects in DefaultESDocumentWriter to add objectCsid field holding media related objects.

* DRYD-1818: mapped identificationNumber, title as sortable keywords; mapped updatedAt as sortable date field; mapped objectCsid as filterable keyword;

* DRYD-1818: mapped media_common:altText;

* DRYD-1818: fixed trailing comma; updated tenant bindings;

Fix JDBC Parameter var name (#476)

* Rename JDBC_URL_OPTS to JDBC_URL_PARAMS

DRYD-1892: JDBC Parameter Build Env Var (#475)

* Read from JDBC_URL_PARAMS environment variable
* Remove encoded url from build properties
* Add script to encode url parameters
* Encode jdbc params where needed
* Remove unused configuration

Prototype advanced search endpoint (#474)

* initial stub of advancedsearch
* added advancedsearch to WAR
* added advancedsearch to jax rs application
* advanced search xsd
* 'model' abstraction for converting CollectionObject subobjects into a format more convenient to send back over the wire
* more robust extraction of brief description, object name, title, and responsible department
* retrieve CollectionObjectCommon from CollectionResource

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

DRYD-1829: Remove flickr urls from tests (#473)

* Add maven-failsafe-plugin
* Add jetty-maven-plugin to serve static files
* Add maven-remote-resources-plugin
* Create StaticImage enum for tests
* Rename *Test classes to *IT
* Remove flickr from Blob/Media tests

Update version to 8.3.0-SNAPSHOT (#472)

Update Release Version to 8.2.0 (#471)

* Update cspace-ui and plugin release versions
* Change release version to 8.2.0

Prepare QA 8.2.0 (#470)

Update ui build versions

DRYD-1748: Add deurn function to database (#464)

* DRYD-1748: added SQL script to define deurn function
* DRYD-1748: modified tenant bindings to run deurn_function.sql

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

DRYD-1747: Add update_userid function to database (#463)

* DRYD-1747: added update_userid_function.sql SQL script
* DRYD-1747: modified build.xml to copy new update_userid_function script to tomcat during deploy
* DRYD-1747: modified build.xml to run update_userid function creation during database creation

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

Add publishedRelatedLinkGroupList to all ES bindings (#469)

Add publishedRelatedLinkGroupList to all es bindings

DRYD-1795: Fix Error for Ethnographic Object Reports (#466)

join on collectionobjects_common_fieldcollectionplaces as the field was changed to be repeating

Update build branch for ui plugins (#468)

Update UI Build Branch (#467)

Add aspectj dependencies back into deployment (#465)

DRYD-1754: Manage Nuxeo JARs through Ant/Maven (#462)

* Add pom to nuxeo-server module for dependency management
* Add build file for nuxeo-server
* Exclude jars when copying nuxeo release

DRYD-1714, add property to control JAXB code generation (#461)

* DRYD-1660: Aggregate collections per object (#451)

* DRYD-1683: SSO expects typed AttributeValues (#452)

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>
* Include XSAny when searching for candidate usernames
* Add unit tests for findSamlAssertionCandidateUsernames

* DRYD-1687: Load NAGPRA reports in only core and anthro (#453)

* Update Version to 8.1.1 (#454)

* Update build release to 8.1.1
* Update cspace-ui release in build properties

* SAML SSO unit tests etc. (#455)

* Added two unit tests to SecurityUtilsTest to verify the found email address is correct
* Removed unused imports in SecurityUtilsTest
* Added unit tests for ServicesConfigReader while investigating DRYD-1702
* cleaned up leftover printlns in SecurityUtilsTest
* cleaned up imports in SecurityUtilsTest
* reorganized methods in ServicesConfigReaderImplTest
* refactored findUser method to make it easier to test and prepare it for deprecation of ReponseToken
* refactored some useful common code out of SecurityUtilsTest into AbstractSecurityTestBase
* refactored some of the SAML-object-creating utility methods
* made 'parse' methods public so they can be tested
* added unit test to check that 'identifier' probe assertions correctly pull out attribute values
* source cleanup: organizing imports, formatting
* added .mvn to .gitignore to ignore local, per-developer maven properties

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>
* DRYD-1714: controlling when JAXB code generation runs, using a user-settable property controlling <phase> in the plugin execution

---------

Co-authored-by: Michael Ritter <mikejritter@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

DRYD-1759: Null Error in Full Place Report (#460)

DRYD-1742: Change deployment for common/lib jars (#459)

* Consolidate dependency management

* Add new module to track dependencies deployed to tomcat lib

* Cleanup parent pom

* Remove mysql-connector-java

* Remove unused test

* Exclusions for auth-mgt.import

* Remove duplicate dependency

* Fix duplicate plugin config

* Use stax2-api version from JaxRSServiceProvider

* Remove aspectj from common deploy

* Add undeploy task

* Remove obsolete build targets

* Change package type to pom

DRYD-1716: set the antrun plugin that runs check-env-vars to <inherited>false</inherited> (#456)

DRYD-1716: set the antrun plugin that runs check-env-vars to <inherited>false</inherited> to prevent child projects from running this check. It is now only run once.

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

DRYD-1712/DRYD-1715: only run `git-commit-id-plugin` once (#457)

* DRYD-1712/DRYD-1715: removed git-commit-id-plugin from topmost pom, which was inherited by all child poms, and instead placed it in JaxRsServiceProvider. This is the only project that needs it, since this is where the WAR is created and that's where systeminfo picks it up.

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

SAML SSO unit tests etc. (#455)

* Added two unit tests to SecurityUtilsTest to verify the found email address is correct
* Removed unused imports in SecurityUtilsTest
* Added unit tests for ServicesConfigReader while investigating DRYD-1702
* cleaned up leftover printlns in SecurityUtilsTest
* cleaned up imports in SecurityUtilsTest
* reorganized methods in ServicesConfigReaderImplTest
* refactored findUser method to make it easier to test and prepare it for deprecation of ReponseToken
* refactored some useful common code out of SecurityUtilsTest into AbstractSecurityTestBase
* refactored some of the SAML-object-creating utility methods
* made 'parse' methods public so they can be tested
* added unit test to check that 'identifier' probe assertions correctly pull out attribute values
* source cleanup: organizing imports, formatting
* added .mvn to .gitignore to ignore local, per-developer maven properties

---------

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>

Update cspaceui version

DRYD-1687: Load NAGPRA reports in only core and anthro (#453)

DRYD-1683: SSO expects typed AttributeValues (#452)

Co-authored-by: Anthony Bucci <abucci@bucci.onl>
* Include XSAny when searching for candidate usernames
* Add unit tests for findSamlAssertionCandidateUsernames

DRYD-1660: Aggregate collections per object (#451)

Update version for next dev cycle

Remove unnecessary version declaration

Change release version to 8.1.0

Update ui versions for release

Contact Organization Report Update (#450)

* Remove default value for csid
* Allow empty csid/csid list
* Add no data section

Update ui build versions

Contact Reports (#449)

* DRYD-1576: Contact Report - Org
* DRYD-1577: Contact Report - Person

Pull cultural determination from nagpra extension (#448)

Add description to full object with place report (#447)

DRYD-1608: Notice of Intent to Repatriate Updates (#446)

* Use coalesce on parties involved fields
* Add controlled object names

8.1 Reports QA (#444)

* Use objectproductionpeople for related culutres - summary; inventory
* Fix location for mni and afo counts - inventory
* Add collectors to description text - intent to repatriate
* Pull multiple involved parties - intent to repatriate
* Deurn objectproductionpeople - exhibition basic list
* Make header text more consistent for 8.1 reports
* Adjust header spacing and height for 8.1 reports
* Add 8.1 report descriptions

Update UI Versions for Latest RC (#445)

DRYD-1431: Add descriptions to reports (#440)

Consultation Report QA (#443)

* All - Use LocalDate for date formatting
* All - Adjust header height for text which was clipped
* Inventory - Include date with status when available
* Inventory - Remove 'Lot' from AFO Count header
* Summary - Join related sites on collection objects
* Repatriation - Add field collection sites
* Repatriation - Remove 'Lot' from AFO Count header

Exhibition Checklist QA (#441)

* Add dimension measured part to report
* Deurn computedcurrentlocation
* Add noData section when result set is empty
* JS linting

NAGPRA Reports QA (#442)

* Notice of Inventory - Fix join for object counts
* Notice of Inventory - Fix join for acquisition date
* Notice of Inventory - Coalesce for better null handling
* Notice of Inventory - Switch to JavaScript templating
* Notice of Inventory - Adjust spacing and increase header height
* Notice of Inventory - Add noData section when result set is empty
* Notice of Repatriation - Increase header height

Report: Notice of Intent to Repatriate QA (#439)

* Switch to javascript templating
* Pull distinct acquisitions related to summary
* Coalesce for better null handling
* Adjust spacing for some fields

Add relatedLinks, featuredCollection displayName to elastic index (#437)

 * DRYD-1455: Index new related link fields
*  DRYD-1456: Index display name for featuredCollection

Update ui versions for next RC

8.1 Workflow Reports (#435)

* DRYD-1512: Consultation NAGPRA Repatriation Request Report
* DRYD-1513: Consultation NAGPRA Inventory Report
* DRYD-1514: Consultation NAGPRA Summary Report
* DRYD-1533: Exhibition Checklist Report

DRYD-1399: RestrictedMedia (#428)

Set compiler target to 1.8 (#436)

Notice Intent Reports: Update Queries (#434)

* Use parens in query for involved parties
* Use regex to match word boundary for object count type associated

Update ui version for latest RC

DRYD-1351: API For Supporting Create Page Update (#433)

* Add new endpoint /servicegroups/:group/tags
* Add servicetag query parameter to /servicegroups/:group
* Apply spotless

DRYD-1356: New ObjectExit Service (#431)

Update UI Versions for latest RC (#432)

DRYD-1575: Rename repatriationclaim to repatriationrequest (#429)

NAGPRA Workflow Reports (#430)

* DRYD-1334: Notice of Intent to Repatriate report
* DRYD-1335: Notice of Inventory Completion report

Update RC versions for core and anthro

Update ui versions

Support for deurning arrays in reports (#426)

DRYD-1518: Add NameID back to default username probes.

This shouldn't have been removed, because it's a breaking change. It needs to wait for a major release.

DRYD-1518: Associate a CSpace user to a SAML login using an ID from the assertion. (#427)

DRYD-1393: ServiceGroup filter on service tags  (#423)

DRYD-1487: Fix cspace_english text search config not found during db restore on RDS.

DRYD-1420: Check for existing terms by display name when initializing… (#425)

DRYD-1355: Deaccession Service (#424)

DRYD-1516: Install public browser front-end along with UI. (#422)

DRYD-1451: Xlsx Report Configuration (#421)

Duty of Care Updates (#419)

DRYD-1487: Fix text search configuration does not exist error (#418)

Add comment.

DRYD-1438: Workflow Report Updates (#417)

DRYD-1330: Updates to new claim (#415)

DRYD-1390: Consultation Procedure (#414)

Convert Statements to PreparedStatements (#413)